Varusmiesliiton liittohallitus valitaan vuosittaisessa liittokokouksessa, jossa kaikilla jäsenillä on äänioikeus. Hallitus vastaa Varusmiesliiton toiminnasta ja linjauksista liittokokousten välillä, ohjenuoranaan kokouksessa hyväksytyt tavoiteohjelma ja toimintasuunnitelma.
Hallituksen työskentelyä johtaa Varusmiesliiton puheenjohtaja. Hänen tukenaan toimii varapuheenjohtaja ja muu liittohallitus, jonka jäsenistä kootaan Varusmiesliiton varusmiestoimikunta-, siviilipalvelus- ja vapaaehtoisen asepalveluksen työryhmät.
Liittohallituksen ja puheenjohtajan toimintaa tukee pääsihteeri joka vastaa liiton hallinnosta sekä johtaa liiton toimistoa.
Varusmiesliiton hallituksen vuodelle 2024 muodostavat Elina Riutta, Mari Pinomäki, Eero Rauhamäki, Joni Määttä, Markus Yli-Kivistö, Onerva Aalto, Joona Mäkilä ja Mats Uotila.
Elina Riutta 2023-2024
Joel Elmaci 2022
Atte Grönroos 2021
Topi Korpinen 2020
Matias Pajula 2019
Jaakko Kivistö 2018
Juuso Kurttila 2017
Rami Laitila 2016
Niilo Heinonen 2015
Henrik Vuornos 2015
Ville Blom 2014
Egzon Delija ja Risto Lahti 2013
Mikko Kiviluoma 2012
Jussi Mäkinen 2010-2011
Kalle Meriö 2009
Miikka Putto 2008
Harri Sieppi 2007
Teemu Koivisto 2005–2006
Niilo Mustonen 2004
Jouko Prami (Permi) 2002–2003
Taina Väänänen 2001
Anssi Törmälä 2000
Sam Heino 1999
Jaakko Plathan 1998
Henrik Söderman 1997
Antti Timonen 1996
Tomi Railo 1994–1995
Henri Korpi 1993
Tapio Määttä 1992
Anders Laurén 1991
Mikael Aalto 1990
Dag Wallgren 1989
Alpo Merilä 1988
Timo Toropainen 1987
Jyri Järvihaavisto 1986
Arto Ylitalo 1985
Heikki Huttu-Hiltunen 1984
Kari Lintunen 1982–1983
Jyrki Tiainen 1981
Tapio Eerola 1980
Matti Vanhanen 1978–1979
Risto K. Tähtinen 1975–1977
Ilkka Kuusela 1974
Olavi Hertteli 1973
Jouni Leino 1972
Jouko Skinnari 1971
Kari Salonen perustamiskokous 12.4.1970-
Elina Riutta
PuheenjohtajaAkseli Mäenpää
vt. PääsihteeriPääsihteeri Janne Welinin sijainen vanhempainvapaan ajan 1.4.2025 asti.